Il giorno successivo al giuramento il Presidente Cossiga conferma nel ruolo di Segretario generale Antonio Maccanico, che già lo svolgeva durante la presidenza Pertini. Nella stessa data Cossiga, con il D.P. 4 luglio 1985, n.1, precisa ed estende le competenze del Segretario generale stesso: “è il primo dei Consiglieri del Presidente della Repubblica ed è il capo del Segretariato Generale Presidenza della Repubblica. Da lui dipendono tutti gli altri consiglieri tecnici del Presidente della Repubblica e tutti i capi degli uffici e servizi inquadrati nel Segretariato generale, di cui egli dirige e coordina l’attività e che a lui in ogni caso sottopongono, per le ulteriori determinazioni, indicazioni e direttive eventualmente apprese in via diretta dal Presidente della Repubblica”. Antonio Maccanico continua nel suo incarico fino al 2 marzo 1987, quando rassegna le dimissioni e viene sostituito da Sergio Berlinguer (già Consigliere diplomatico dal 1985) fino a fine mandato. Viene confermato anche il Vice Segretariato generale amministrativo, Giuseppe Di Gironimo, nominato dal Presidente Pertini nel 1982 e, dopo il pensionamento, sostituito da Pietro Meschini nel 1989, fino al suo collocamento a riposo in data 30 aprile 1993. Si procede quindi alla nomina dei più stretti collaboratori del Presidente: il Consigliere diplomatico uscente, Giacomo Attolico, viene sostituito il 3 luglio 1985 con Sergio Berlinguer, al quale segue nel 1987 Giovanni Dominedò, poi nel 1991 Francesco Corrias fino al 28 maggio 1992. Il Consigliere militare uscente, Mario Parisio, è confermato fino al 30 luglio 1985, poi sostituito da Stelio Nardini fino al 16 aprile 1990, e infine da Carlo Jean fino al 28 maggio 1992. Giuseppe Carbone è confermato a capo dell’Ufficio Affari giuridici – dal 29 ottobre 1985 Ufficio per gli Affari giuridici e le relazioni costituzionali – sostituito il 1° settembre 1986 da Carlo Salimei, che permane fino a fine mandato. Salvatore Sechi il 3 luglio 1985 è nominato Consigliere e Direttore della Segreteria generale, e dal 5 ottobre 1990 Capo di Gabinetto, carica fino a qual momento ricoperta da Alfredo Masala. Il 10 settembre 1985 è nominato il nuovo Capo dell’Ufficio Stampa, Ludovico Ortona, poi divenuto dal 30 ottobre Consigliere per la stampa e l’informazione. Enzo Mosino, nominato il 3 luglio 1985 Consigliere per gli affari interni, mantiene la carica fino al termine del mandato, e dal 1° ottobre 1986 diviene anche Direttore della Sovrintendenza Centrale dei Servizi di Sicurezza. Il 16 luglio 1985 è nominato il Consigliere per gli affari culturali, Bernardino Basili, in carica fino all’8 agosto 1990, e sostituito dal 1° ottobre 1990 da Alessandro Vaciago fino a termine mandato con il titolo di Consigliere per gli affari culturali e scientifici. Molto rilevante è la carica di Consigliere speciale per l’archivio politico- istituzionale, ricoperta da Guglielmo Negri, istituita il 1° giugno 1990. Il 1° maggio 1986 l’architetto Franco Borsi viene nominato Consulente sotto il profilo architettonico per i lavori relativi alla dotazione presidenziale, e dal 6 aprile 1990 diviene Consigliere e Direttore dell’Ufficio speciale Sovrintendenza ai beni artistici e storici. Renato Alberto Squillante dal 23 maggio 1986 è Consulente per alcuni aspetti della posizione istituzionale del Presidente della Repubblica. Il Segretario particolare del Presidente Cossiga è Cesare Baroli.

Con D.P. 30 ottobre 1985, n. 9, già a pochi mesi dall’inizio del mandato presidenziale, viene sostanzialmente modificata la struttura del Segretariato generale, con una diversificazione tra Uffici e Servizi: i primi affidati ai Consiglieri del Presidente e i secondi al personale di ruolo. In effetti, nel trascorrere dei settennati, si viene delineando una distinzione sempre più visibile tra una “struttura fiduciaria”, affidata a Consiglieri scelti e nominati dal Presidente della Repubblica con compiti connessi direttamente all’esercizio delle funzioni del Presidente, e una “struttura permanente”, intesa quale complesso di servizi affidati al personale di ruolo, con funzioni amministrative e tecniche in senso lato riferibili alla dotazione presidenziale. Tra gli Uffici la novità più evidente del nuovo decreto è l’introduzione della Segreteria Generale, che collabora con il Segretario generale “nel coordinamento delle attività istruttorie e degli Uffici di supporto all’esercizio delle funzioni istituzionali del Presidente della Repubblica… nell’assistenza direttamente prestata al Presidente della Repubblica per l’esercizio delle sue funzioni istituzionali. Gli altri Uffici sono: Ufficio per gli affari giuridici e le relazioni costituzionali; Ufficio per gli affari diplomatici; Ufficio per gli affari militari; Ufficio cerimonie e patronato, che con il D.P. 10 feb. 1986, n. 27, assume il nome di Ufficio cerimoniale e rappresentanza; Ufficio per la stampa e l’informazione; Gabinetto del Presidente.I Servizi sono: Gabinetto del Segretario Generale; Servizio affari generali e del personale; Servizio patrimonio, provveditorato e intendenza; Servizio tenute e giardini; Servizio biblioteca e documentazione; Servizio ragioneria, riscontro e tesoreria. Il Presidente può nominare suoi Consiglieri per compiti ulteriori di collaborazione e di istruttoria, non compresi in quelli degli Uffici e servizi. Inoltre all’art. 20 sono istituiti i Servizi di protezione e sicurezza di cui fanno parte la Sovrintendenza centrale dei servizi di sicurezza che garantisce il servizio di protezione e sicurezza della persona del Presidente della Repubblica, del Segretario Generale e degli immobili della relativa dotazione e il Comando Carabinieri guardie del Presidente della Repubblica che si occupa della protezione diretta e immediata del Presidente della Repubblica all’interno del Palazzo del Quirinale e della protezione e presidio del Palazzo stesso. Con il D.P. 10 aprile 1986, n.4/N, viene separato il Servizio intendenza dal Servizio patrimonio e creato un apposito Servizio sistemi informativi che si occupa della crescente informatizzazione, novità di assoluto rilievo non solo tecnico durante la seconda metà degli anni ’80. Con D.P. 1° ottobre 1986, n. 18/N viene creato il nuovo Ufficio per gli affari interni. Nel 1989 un primo decreto (D.P. 11 febbraio 1989, n. 59/N) sposta la Divisione solidarietà sociale e la Divisione adesione patronati e premi all’interno non più del Cerimoniale ma del nuovo Servizio affari generali, a sua volta separato dal Personale. Un secondo decreto (D.P. 9 novembre 1989, n. 65/N) delinea nel dettaglio la nuova struttura interna del Gabinetto del Segretario Generale, ampliato con un nuovo settore di ricerca e quindi composto ora da quattro sottostrutture: Segreteria; Divisione protocollo e Centro computerizzato corrispondenza (CCC); Divisione ricerca, studio e documentazione; Unità organica di segreteria per le distinzioni onorifiche. Tra marzo e aprile 1990 sono istituiti l’Ufficio speciale per la sicurezza e la Sovrintendenza ai beni artistici e storici della Presidenza della Repubblica. Tra maggio e giugno del 1990 vengono costituiti due importanti settori autonomi, il Servizio per le telecomunicazioni (competenza prima prevista nel Servizio Intendenza) e il Servizio di emergenza medica, nonché istituito l’Archivio politico-istituzionale del Presidente della Repubblica, con il compito di censire tutti gli atti emanati dal Presidente della Repubblica durante il settennato in corso e provvedere alla loro catalogazione.