Il Presidente Pertini, di fronte all’instabilità del potere politico, vuole dare una maggiore importanza al ruolo del Presidente della Repubblica, rivendicandone l’autonomia rispetto ai partiti politici e alle istituzioni. Questa modifica dei rapporti fra il Quirinale e i partiti e il suo interventismo creano spesso problemi con il cosiddetto “Palazzo”, che teme un tentativo di presidenzialismo e un voler scavalcare il suo ruolo istituzionale. Ma il rapporto è sempre leale da parte di un uomo integerrimo lontano dai giochi di potere.

Molto forte e decisa è l’autonomia politica del Presidente Pertini, soprattutto nelle procedure di formazione dei governi. Durante il settennato hanno luogo 8 crisi ministeriali: 2 nel 1979, 2 nel 1980, 1 nel 1981, 2 nel 1982 e 1 nel 1983. Ci sono 2 scioglimenti anticipati delle Camere – nel 1979 e nel 1983 – e la formazione di 8 governi.
La prima difficile crisi è quella del 1979 con l’uscita del Partito Comunista dal governo di unità nazionale e le dimissioni del IV Governo Andreotti il 31 gennaio. Dopo un giro di consultazioni il reincarico ad Andreotti è del 3 febbraio e la rinuncia del 21. Pertini non riapre le consultazioni, ma affida l’incarico a La Malfa, per la prima volta un laico nella storia della Repubblica. Il tentativo fallisce, ma indica la volontà del Presidente di interrompere il monopolio democristiano sulla carica del Presidente del Consiglio. Dopo le consultazioni è dato nuovamente l’incarico ad Andreotti e si forma un governo elettorale, con l’intento di andare alle elezioni anticipate, che giura il 21 marzo 1979, ma il 31 marzo non ottiene la fiducia e Pertini scioglie le Camere con due anni di anticipo. Dopo le elezioni del 3 giugno e dopo i tentativi di affidare l’incarico ad Andreotti e a Filippo Maria Pandolfi, entrambi falliti, Cossiga accetta l’incarico e il 5 agosto nasce il I Governo Cossiga con democristiani, socialdemocratici e liberali. La crisi successiva è della primavera del 1980, con le dimissioni di Cossiga il 19 marzo. Pertini incarica ancora una volta Cossiga per la formazione del nuovo Governo, che giura il 4 aprile. Il Governo cade alla fine di settembre, indebolito anche dal cosiddetto “processo” in Parlamento contro Cossiga, con richiesta di rinvio all’alta corte per favoreggiamento e rivelazione del segreto d’ufficio, a causa del terrorista Marco Donat-cattin figlio del vicesegretario della Democrazia Cristiana Carlo. Il 18 ottobre 1980 nasce il Governo Forlani che avrà un rapido epilogo nel maggio dell’anno successivo. Sicuramente alla sua fine non è estraneo lo scoppio dello scandalo della loggia massonica segreta P2 di Licio Gelli. Tra gli affiliati vengono scoperti i nomi di influenti personaggi della vita pubblica italiana. Pertini incarica nuovamente Arnaldo Forlani che rinuncia il 10 giugno 1981. Il giorno dopo il repubblicano Giovanni Spadolini ottiene l’incarico e il 28 giugno nasce il primo governo della storia della Repubblica presieduto da un non democristiano. Pertini dichiara in una intervista l’8 marzo 1982 al Tg 1 “Spadolini è stato scelto da me. Nessuno me lo ha indicato, neppure il suo partito”. Spadolini si dimette il 7 agosto del 1982, per il rigetto della propria legge di bilancio da parte del Parlamento. Il secondo Governo Spadolini – il cosiddetto “governo fotocopia” – giura il 23 agosto e si dimette dopo soli 100 giorni, il 13 novembre. Dopo una breve parentesi del V Governo Fanfani, tra il dicembre 1982 e l’aprile 1983, il 4 maggio il Presidente Pertini, dopo un giro di consultazioni, scioglie le camere. Il 4 agosto 1983, dopo la netta sconfitta elettorale della Democrazia Cristiana, Presidente del Consiglio diviene un giovane uomo politico, anch’esso laico, Bettino Craxi, leader del Partito socialista italiano.
Le consultazioni ufficiali per la formazione dei nuovi governi, si svolgono, in linea di massima, in conformità alla prassi instaurata da De Nicola. Per quanto concerne le Personalità consultate, è da rilevare che la presenza dei Segretari politici e dei Presidenti nazionali dei partiti è ormai stabile mentre, dal 1° ciclo di consultazioni, durante la crisi del IV Governo Andreotti, 1 e 2 febbraio 1979, sono esclusi dall’elenco delle Personalità gli ex presidenti dell’Assemblea Costituente, gli ex presidenti dei due rami del Parlamento e gli ex presidenti del Consiglio dei ministri.

Il Presidente Pertini fa uso del potere di rinvio alle Camere di testi legislativi da queste già approvati, previsto dall’art. 74 della Costituzione, in sette casi, sempre per mancanza di copertura finanziaria (art. 81 Cost.). Con Pertini continua la prassi di promulgare leggi formulando osservazioni e rilievi destinati prevalentemente al Governo, talora anche alle Camere, con raccomandazioni e segnalazioni in vista di possibili interpretazioni costituzionalmente conformi. Il Presidente Pertini assume iniziative tese a contrastare l’eccessivo ricorso dei Governi allo strumento del decreto-legge.

Dal 1978 al 1985 il Presidente Pertini presiede 33 riunioni del Consiglio Superiore della Magistratura, pronunciando discorsi, partecipando alle discussioni e a qualche votazione fra le più delicate. Si ricordano in particolare la seduta straordinaria tenutasi a Palermo dopo i funerali del magistrato Ciaccio Montalto e le due sedute straordinarie tenutesi al Palazzo del Quirinale nel 1979, dopo l’uccisione del giudice Alessandrini e nel 1980, in occasione del sequestro del giudice D’Urso. Nel 1981 si ha una seduta straordinaria per la prima riunione del nuovo CSM. L’ultima riunione straordinaria si tiene nel 1985 per celebrare i 25 anni del CSM.

Il Capo dello Stato ha il comando delle Forze Armate e presiede il Consiglio Supremo di Difesa (art. 87 della carta Costituzionale). Il Consiglio ha il compito di esaminare i problemi generali politici e tecnici attinenti alla difesa nazionale. Il Presidente Pertini, nel corso del settennato, ha presieduto 5 riunioni al palazzo del Quirinale, nel 1978, 1979, 1981, 1983 e 1984.