Tra i primi atti del nuovo Presidente è la scelta del Segretario generale. Pertini nomina, con D.P.R. 15 luglio 1978, Antonio Maccanico, già Segretario generale della Camera dei Deputati: un funzionario parlamentare con una vasta esperienza in campo politico-parlamentare e costituzionale. Procede quindi alle nomine dei suoi più stretti collaboratori. Nell’incarico di Vice Segretario generale amministrativo è confermato Giovanni Viola fino al 1° dicembre 1979, cui subentra Armando Antonelli, che rimane in tale carica fino alla nuova nomina di Giuseppe Di Gironimo il 15 marzo 1982. Il nuovo Consigliere diplomatico che, nel dicembre 1978, sostituisce l’ambasciatore Riccardo Pignatelli della Leonessa, è l’ambasciatore Carlo Calenda; nel luglio 1982 subentra l’ambasciatore Giacomo Attolico. Viene confermato il Consigliere militare gen. Umberto Bernardini fino alla nuova nomina, in data 22 gennaio 1982, del gen. Mario Parisio. Dal luglio 1978 al maggio 1980 il Capo del Servizio Stampa è Antonio Ghirelli, sollevato dall’incarico con il comunicato del Segretario Generale Maccanico del 31 maggio 1980, durante il viaggio a Barcellona, in seguito a un equivoco su una dichiarazione alla stampa. Al suo posto viene nominato Michelangelo Jacobucci. In anni di gravissima emergenza per la drammatica crescita del terrorismo dopo l’assassinio di Aldo Moro, il Presidente Pertini designa, con D.P. 29 settembre 1978, n. 3, il gen. Arnaldo Ferrara, già Vice comandante generale dell’Arma dei Carabinieri “Consigliere per i problemi dell’ordine democratico e della sicurezza”. Dato il crescente ruolo dell’Europa nell’ambito delle relazioni internazionali dell’Italia, conferisce, con D.P. 14 ottobre 1978, n.5, la nomina di “Consigliere per le questioni della Comunità Europea” all’ambasciatore a riposo Cesidio Guazzaroni, già componente della Commissione europea a Bruxelles, che conclude la propria attività nel 1982. Il 1° novembre 1978 viene posto a “capo del “Servizio rapporti con il Parlamento e il governo” il Consigliere di Stato Giuseppe Carbone, che diviene ben presto collaboratore strettissimo sia di Maccanico che dello stesso Pertini. Il 1° gennaio 1984 è nominata “Consulente per il riordino degli oggetti di argenteria e Vermeil della Dotazione” la nota studiosa Chiara Briganti, che già aveva prestato la sua consulenza a Palazzo del Quirinale durante la presidenza Gronchi. Dal 1978 al 1985 la segretaria personale del Presidente è la signora Diana Ruggi, mentre a capo della Segreteria particolare viene nominato Italo De Curtis, peraltro già funzionario di ruolo interno al Segretariato.

Il primo decreto di riorganizzare della struttura del Segretariato è promulgato solamente nel giugno 1980, due anni dopo l’inizio del mandato presidenziale, dal momento che precedenti importanti modifiche nella struttura di uffici e servizi sono disposte negli ultimi mesi del settennato di Giovanni Leone con D.P. 6 febbraio 1978, nn. 88 e 89. Tra le novità della nuova organizzazione introdotte dal D.P. 24 giugno 1980, n. 37, si nota la scomparsa della “Segreteria Presidenziale”, che era stata la base dell’amministrazione con i Presidenti Einaudi e Gronchi e che aveva perso nel corso degli anni molte delle sue attribuzioni. I suoi residui compiti sono ripartiti fra più uffici: la “Segreteria del Segretario generale”, che acquisisce la parte relativa alle onorificenze, e il “Cerimoniale”, che viene suddiviso in “Adesioni patronati e premi” e “Solidarietà sociale”. L’assenza di una Segreteria presidenziale unica comporta la necessità di creare un punto di protocollo unico, individuato presso la “Segreteria del Segretario Generale”, in cui confluisce tutta la corrispondenza in arrivo prima che venga smistata ai vari uffici. La seconda rilevante novità nella organizzazione degli uffici è riscontrabile nell’accorpamento in un unico servizio di “Patrimonio, Provveditorato e intendenza”. Una apposita Commissione, creata con D.S.G. 5 dicembre 1983, n. 213 e ampliata con D.S.G. 28 dicembre 1984, n. 153, contribuisce alla creazione di un primo CED (Centro elaborazioni dati), introducendo così nell’apparato amministrativo una prima trasformazione informatica che porterà, all’inizio del successivo mandato presidenziale, alla nascita del “Servizio sistemi informatici”. Rilevante risulta la vicenda che porta alla riforma del settore biblioteche e archivi, precisandone l’area di competenze. Già il D.P. 6 febbraio 1978, n. 88 – emanato nell’ultimo periodo del settennato Leone – aveva definito il settore biblioteca quale “Servizio biblioteca studi e documentazione”. Il nuovo decreto – il citato D.P. 24 giugno 1980, n. 36 – denomina la biblioteca quale “Servizio biblioteca e documentazione”, articolato su due uffici: “Biblioteca e archivi storici” e “Documentazione e carteggio”. Si assiste a un processo di crescita del Segretariato, che superati i trent’anni di vita, comincia a porsi il problema della conservazione della sua memoria documentaria e storica. Due provvedimenti successivi definiranno meglio la natura del Servizio. Il primo è il D.P. 16 novembre 1981, n. 62 che stabilisce la creazione di un archivio di deposito del Segretariato nel quale fare affluire tutti gli atti degli affari esauriti e istituisce una “Commissione di sorveglianza sugli archivi” che, nel 1983, provvede al versamento all’Archivio Centrale dello Stato delle carte del Ministero della Real Casa (il primo versamento di tale archivio era stato effettuato all’inizio degli anni ’60). Il secondo è il D.P. 4 novembre 1982, n. 93 che rinomina l’ufficio “Documentazione e carteggio” in “Ricerca e documentazione”, stabilendone le competenze basate su un programma di ricerche giuridiche, storico-istituzionali e artistiche.