Primo atto del Presidente Saragat, quasi un omaggio ad Einaudi, è la nomina a Segretario generale, con D.P.R. 13 gennaio 1965 (G.U. 6 febbraio 1965, n. 32), di Nicola Picella, che aveva ricoperto la stessa carica nell’ultima fase del settennato Einaudi. Si interrompe la stagione dei Prefetti, che da Gronchi a Segni testimonia la comune esigenza di instaurare e mantenere un rapporto di collegamento con il Ministero dell’interno, allora cardine del sistema amministrativo. Per circa dieci anni Segretario generale del Senato, Picella diviene ora, nel nuovo prestigioso incarico, primo collaboratore e consigliere unico del Presidente, essendo chiamato a esercitare, oltre alle funzioni amministrative, delicati compiti di coordinamento su tutta l’attività del Capo dello Stato e diretta assistenza in materia costituzionale. La lunga permanenza di Picella al Quirinale, interrotta solo dalla morte avvenuta in servizio il 19 luglio del 1976 durante la Presidenza Leone, ed il fatto che sia l’unico Segretario generale ad essere nominato da ben tre Presidenti di formazioni diverse, conferma la statura del personaggio, l’imparzialità nello svolgimento dell’incarico e l’indiscussa professionalità. Leone nel suo discorso in memoria di Picella pronunciato davanti al personale della Presidenza della Repubblica lo definisce «uno dei più grandi servitori dello Stato» mosso «esclusivamente al dovere di servire e salvaguardare le Istituzioni». Il Vice Segretario generale è Enrico D’Arienzo, nominato non più con decreto presidenziale, ma con una semplice lettera d’ufficio al Ministero della pubblica istruzione, presso il quale riveste la qualifica di direttore generale. Designato da Picella in via diretta, D’Arienzo ne è uomo di fiducia, avendo tra l’altro già lavorato al suo fianco negli anni 1954-55, quando gli subentrò nella direzione dell’Ufficio rapporti con il Parlamento e il governo. Con la nomina di D’Arienzo scompare inoltre ogni riferimento a funzioni vicarie: con D.S.G. 2 marzo 1965, n. 24, il Vice Segretario generale è preposto al Servizio affari generali e ha la delega alla firma degli atti di competenza del Servizio amministrazione e patrimonio. Cura inoltre la predisposizione di tutti i provvedimenti di carattere normativo interno e svolge opera di controllo sull’attività dei vari uffici. Il Direttore superiore, figura amministrativa creata dal Presidente Segni, è di fatto privato di reali responsabilità pur convivendo con il Vice Segretario generale con funzioni scarsamente definite. L’entourage di cui si circonda il Presidente Saragat, che era stato ambasciatore a Parigi e, all’epoca dell’elezione a Presidente della Repubblica, ministro degli esteri, è legato al mondo dei diplomatici di carriera. Consigliere diplomatico è il barone Francesco Malfatti di Montetretto, già capo di gabinetto di Saragat al Ministero degli esteri, che lascerà il Quirinale nel 1969 per assumere la carica di Ambasciatore a Parigi. Capo dell’Ufficio stampa e della Segreteria particolare è Ettore Staderini (già capo del Servizio stampa del Ministero degli affari esteri), Ministro plenipotenziario, poi Ambasciatore nel 1970, che sostituirà Malfatti come Consigliere diplomatico quando questi si trasferirà in Francia. Staderini sarà a sua volta avvicendato al Servizio stampa dal Ministro plenipotenziario Raffaele Piero Marras. Ulteriore testimonianza dell’interesse particolare che il Presidente rivolge alla politica estera è la nomina, nel febbraio 1965, di un Consulente per lo studio degli affari politici e dei trattati internazionali nella persona del professor Mario Toscano, ordinario di Storia dei trattati presso l’Università di Roma. I consiglieri militari sono scelti in alternanza tra Esercito (Generale di Corpo d’Armata Emiliano Scotti), Marina (Ammiraglio di Squadra Virgilio Spigai) e Aeronautica (Generale Squadra Aerea Mario Bucchi), come già realizzato dal Presidente Gronchi.

La struttura amministrativa è riformata con D.P. 1° marzo 1965, n. 5, che definisce i Servizi e gli Uffici della Presidenza della Repubblica. La principale novità è la creazione della Segreteria particolare del Segretario generale, che svolge la funzione di assistenza e supporto alle attività del Segretario generale, compito cui prima assolveva l’Ufficio affari generali. La Segreteria, che acquista importanza crescente e viene ulteriormente articolata nel corso del decennio successivo, assorbirà, di fatto, gli Affari generali che scompariranno nel successivo ordinamento degli uffici del Presidente Leone (D.P. 6 febbraio 1978, n. 88). Con il decreto del 1965 diventa Servizio a sé stante il solo Cerimoniale, che proprio durante il settennato Saragat aumenta e diversifica i propri compiti in rapporto al dinamismo del Presidente e al suo costante diretto contatto con i cittadini: aumentano le udienze concesse, gli interventi del Presidente a Roma, le visite alle città italiane, e ciò nell’obiettivo di rendere esplicito l’intento del Capo dello Stato di svolgere il suo mandato tra la gente e non nel chiuso del Palazzo. Altra importante modifica apportata dal nuovo ordinamento è l’inquadramento della Segreteria presidenziale nel Servizio Amministrazione e patrimonio. La Segreteria presidenziale, diretta derivazione della Segreteria Reale del Ministero della Real Casa, che con i Presidenti Einaudi e Gronchi era stata la base dell’amministrazione con competenze estese e articolate (grazie, ricorsi, alti patronati, carteggio e messaggi, onorificenze, beneficenza e doni, acquisto di opere d’arte), inizia ora una parabola discendente. Perderà molte delle sue attribuzioni, perché scomparse (è il caso dell’acquisto di opere d’arte) o perché trasferite ad altre strutture. La stessa Segreteria del Segretario generale avocherà a sé non poche funzioni quali ad esempio l’istruttoria delle onorificenze, lasciando alla Segreteria presidenziale la parte meramente esecutiva. La Segreteria presidenziale scomparirà con il nuovo ordinamento degli uffici del Segretariato generale dovuto al Presidente Pertini (D.P. 24 giugno 1980, n. 36) e i suoi residui compiti saranno affidati a un Ufficio solidarietà sociale, inquadrato nel Servizio Cerimoniale. La Segreteria particolare del Presidente è unita al Servizio stampa, con il compito di curare i «rapporti con la Segreteria presidenziale per la parte riguardante il carteggio presidenziale».