La breve presidenza Segni genera poche novità dal punto di vista della struttura amministrativa. Il Presidente nomina Segretario generale, con D.P.R. 12 giugno 1962 , il prefetto Paolo Strano, Direttore generale dell’Amministrazione civile, uomo di provata esperienza amministrativa e dotato di spiccata personalità. Egli gestisce la delicata situazione venutasi a creare in seguito alla malattia del Presidente e alle successive dimissioni del 6 dicembre (con atto autonomo che egli stesso riceve e di cui è l’unico ad assistere alla sottoscrizione e quindi ad attestarne l’autenticità) con un comportamento teso a difendere la figura umana del Presidente, ma che suscita dubbi e dissensi. Si ritiene infatti, da parte della dottrina, che alcune iniziative prese sarebbero spettate al governo. Ma egli deve agire in assenza di qualsiasi normativa al riguardo e lo fa godendo della piena fiducia del Presidente Segni e del governo stesso. Interessante è la scelta del Presidente di avvalersi della collaborazione del professore Leopoldo Elia, che dal 1° luglio 1962 è nominato Consulente per studi e ricerche di carattere giuridico istituzionale. L’impianto del Segretariato Generale della Presidenza della Repubblica rimane quello realizzato da Gronchi con il D.P. 28 febbraio 1957, n. 39, che non viene modificato. Durante la presidenza Segni sono emanati 39 decreti, quasi tutti di natura amministrativa ed esecutiva, pochissimi di natura normativa. Il decreto più rilevante, dal punto di vista della struttura amministrativa, è il D.P. 5 novembre 1962, n. 9, con il quale si conferiscono le funzioni di Vice Segretario generale della Presidenza della Repubblica al prefetto Giulio Russo «…con il compito di coadiuvare il Segretario generale della Presidenza della Repubblica nell’espletamento delle mansioni affidategli e di sostituirlo in caso di assenza o di impedimento». Benché la ratio sia probabilmente quella di istituire una funzione prevalentemente vicaria, fin dall’inizio la funzione ausiliaria prende il sopravvento e Russo riceve di fatto la delega di funzioni amministrative da parte del Segretario generale con compiti di collaborazione. Come conseguenza, insorgono da subito vivaci tensioni fra i due prefetti che devono di fatto dividersi i compiti di vertice e quasi alternarsi, tanto è vero che Russo rinuncia all’incarico per andare a reggere la Prefettura di Genova. Diventerà successivamente Direttore generale degli Archivi di Stato nel 1965. Un rilevante decreto del Segretario generale del 20 giugno 1962, n. 75, stabilisce che il funzionario più anziano e il più alto in grado (all’epoca il dott. Matteo Mureddu) assuma la direzione dei Servizi del Segretariato generale, come dire della cosiddetta “struttura permanente”, intesa quale complesso di Servizi affidati al personale di ruolo, i cui compiti cominciano a differenziarsi, sia pure in misura approssimativa, dai compiti del personale non di ruolo, quest’ultimo inteso alla stregua di struttura “variabile” o “fiduciaria”. Ricordiamo infine che un altro decreto del Segretario generale del 20 novembre 1962, n. 133, costituisce una Commissione presieduta dal Sovrintendente dell’Archivio centrale dello Stato Leopoldo Sandri, incaricata di procedere al riordinamento delle carte, custodite al Quirinale, «…previo esame e versamento agli Archivi di stato di quella parte che non si ritiene indispensabile trattenere per le esigenze dei Servizi del Segretariato generale della Presidenza della Repubblica». Tra il 1964 e il 1965 saranno versate all’Archivio centrale dello stato le carte riguardanti la Casa della Regina Margherita e gli uffici del Prefetto di Palazzo, del Gran Cacciatore e del Primo aiutante di campo generale.

Dal 10 agosto al 28 dicembre 1964 si ha, come si è detto, la supplenza del Presidente del Senato Cesare Merzagora, che firma con la dizione «Per il Presidente della Repubblica il Presidente del Senato» i 9 decreti da lui emanati in questo periodo. Il D.P. 1° settembre 1964, n. 42, che autorizza variazioni al bilancio di previsione istituendo un nuovo Capitolo “Spese per la malattia del Signor Presidente”, lascia traccia del delicato momento istituzionale che si sta attraversando. Il senatore Merzagora il 2 gennaio del 1972 scriverà un articolo pubblicato da “l’Espresso”, Istruzioni per l’uso del Quirinale – una specie di relazione generale stesa al termine del suo mandato – contenente osservazioni e suggerimenti sia per un ripensamento della funzione presidenziale, sia per rivedere il funzionamento degli uffici, la gestione delle spese, la dotazione. Proprio da questo articolo si ricava il numero esatto del personale in servizio durante la presidenza Segni: 458 persone per il Quirinale, 60 per San Rossore, 71 per la Tenuta di Castelporziano, 8 per Villa Rosebery, 9 per il personale ecclesiastico, e inoltre 76 comandati e 17 militari in forza altrove: cioè 699 unità. A questi si devono aggiungere oltre 650 persone (carabinieri guardie presidenziali, ispettorato di P.S., ecc.) che costituiscono l’apparato di sicurezza e di vigilanza.